甲状腺手术是治疗甲亢的有效方法，引起的并发症不多见，尤其在医疗水平较高的医院进行手术则更为少见。因此，需用手术治疗的甲亢患者千万不能过分担心那些不大可能出现的并发症，否则会因顾虑太多而影响手术治疗的方法。从而失去治愈疾病的机会。
　　几种主要手术的并发症如下：
　　(1)出血：术中结扎不紧而脱落可引起术后出血。动脉出血迅速且发展快，往往要再手术止血。静脉出血发展较慢，不一定要再手术止血。
　　(2)喉返神经麻痹：手术损伤甲状腺旁边的喉返神经可以引起喉返神经麻痹。单侧损伤可引起声音改变，两侧损伤可引起呼吸困难。
　　(3)喉上神经麻痹：损伤喉上神经可以引起声带松弛，音调改变。
　　(4)低血钙抽搐：切除了甲状旁腺(长在甲状腺背侧，一般为4个甲状旁腺)，引起低血钙抽搐，表现手足特征性抽搐。
　　(5)甲亢危象：手术诱发甲亢危象。
　　(6)甲状腺功能减退：少数患者在术后出现甲状腺功能减退。发生甲状腺功能减退的原因有两种可能性。其一，甲状腺切除过多，留下的甲状腺组织不能合成和分泌足够的甲状腺激素。其二，原伴有慢性淋巴性甲状腺炎，这种病例体内有破坏甲状腺组织的抗体存在，因此，即使甲状腺组织切除不过多，也可以引起甲状腺功能减退。甲状腺功能减退发生的时间可早可晚，一般来说，发生较早的，可能是甲状腺切除过多所致;发生较晚的，可能与伴有慢性淋巴性甲状腺炎有关。